Trước 1945, xã Nghĩa Kỳ là các làng Xuân Phổ, An Hội thuộc phủ Tư Nghĩa.[2]

Xã Nghĩa Kỳ được thành lập năm 1946, là một trong 12 xã thuộc huyện Tư Nghĩa.[2]

Trong thời gian Việt Nam cộng hòa quản lý, vào năm 1958, xã Nghĩa Kỳ được đổi tên thành xã Tư Thuận, thuộc quận Tư Nghĩa, tỉnh Quảng Ngãi. Các thôn thuộc xã Tư Thuận được đổi gọi là ấp. Trong khi đó, chính quyền kháng chiến vẫn giữ cách gọi cũ.[2]

Cuối năm 1975, huyện Tư Nghĩa và thị xã Quảng Ngãi hợp nhất thành thị xã Quảng Nghĩa thuộc tỉnh Nghĩa Bình, xã Nghĩa Kỳ thuộc thị xã Quảng Nghĩa.[2]

Năm 1981, xã Nghĩa Kỳ thuộc huyện Tư Nghĩa mới tái lập.[3]

Hiện nay, xã Nghĩa Kỳ có 9 thôn: Xuân Phổ Đông, Xuân Phổ Tây, An Hội Bắc 1, An Hội Bắc 2, An Hội Bắc 3, An Hội Nam 1, An Hội Nam 2, Phú Sơn, An Bình.[2]

Tại làng Xuân Phổ từng diễn ra cuộc nổi dậy chống quân Nhật càn quét vào ngày 16 tháng 8 năm 1945.[2]